Il successore di Aha fu il faraone Djer, che regnò per un lungo periodo di tempo. Nove anni di regno sono riportati nel frammento del Cairo. Oltre a riportare il festival biennale “il seguito di Horus”, e la dedica di varie statue di culto, tale frammento riporta anche una spedizione in una terra chiamata CTt. Questo è il nome che in seguito sarà usato per indicare l’Asia occidentale in genere, ed è molto difficile stabilire con precisione la località della spedizione. La residenza di En Besor sembra essere stata abitata fino alla I Dinastia, ed è possibile che il frammento del Cairo si riferisca ad una rotta commerciale o ad una spedizione punitiva nel sud della Palestina. Altri autori hanno interpretato il termine CTt in riferimento al Sinai, ipotesi molto probabile. D’altra parte, gli annali reali sembrano indicare un rinnovato interesse dell’Egitto nel nord-est. Frammenti di una dozzina di vasi Siro-Palestinesi sono stati ritrovati nella tomba di Djer, a dimostrazione dell’esistenza di rotte commerciali tra l’Egitto ed il Vicino oriente.
La tomba di Djer presso Umm el-Qaab ad Abydos è accompagnato da numerose sepolture sussidiarie, la maggior parte delle quali contengono donne appartenenti all’harem reale. Le scarne iscrizioni, ridotte a nomi e pochi titoli, presenti sulle stele funerarie di queste tombe fanno luce sulla composizione della corte reale all’inizio della I Dinastia, anche se molte di queste non sono state ancora decifrate. Il progetto del complesso funerario presenta importanti novità, e per la prima volta nella storia dell’Egitto, la tomba di Umm el-Qaab è accompangata da un recinto funerario separato, circondato da alcune sepolture, nei pressi della città e delle coltivazioni.
Sotto il regno di Djer le maestranze mantennero un elevato grado di qualità; tra i vari reperti databili al suo regno, è di pregevole fattura un coltello di vetro la cui impugnatura è coperto d’oro decorato col serekh del faraone. La lavorazione del metallo raggiunge livelli qualitativi sempre più elevati, come attestano diversi oggetti, armi e vasi di rame ritrovate nella mastaba S3471 a nord di Saqqara e datati, in base alle iscrizioni, al regno di Djer. Solo una delle sepolture sussidiarie intorno al recinto funerario del faraone ad Abydos ha restituito un’ascia di rame decorata col serekh regale. Marmi simili a quelli di Aha provengono anche dal regno di Djer, mentre un altro reprerto forse rappresenta la più antica rappresentazione tridimensionale di una statua regale: una statuetta senza testa rinvenuta nel tempio di Satet ad Elefantina, mostra una figura seduta in trono e su di un lato è presente un segno interpretato come ©r. Alcuni oggetti riportanti il nome di Djer sono stati ritrovati in quattro siti: Saqqara, Tura, Helwan ed Abydos.
Un’iscrizione d’avorio proveniente da Abydos riporta una visita regale a Buto e Sais nel Delta, suggerendo la decisione di Djer di mantenere la linea politica dei suoi predecessori nel visitare importanti santuari. Il motivo dell’istituzione del festival biennale, registrato per la prima volta durante il regno di Djer, va ricercato nelle stesse ragioni.
Il nome di Djer non è attestato al di fuori dell’Egitto, nonostante i riferimenti a CTt nel frammento del Cairo.