Walter Brian Emery (1903-71) divenne direttore degli scavi a nord di Saqqara nel 1935, succedendo a Firth. Rifiutando l’approccio agli scavi del suo predecessore, Emery decide che solo un approccio sistematico dell’intera necropoli possa dare i migliori risultati. Emery era consapevole dell’importanza di tale necropoli per la primissima storia dell’Antico Egitto e la sua prima stagione di scavi non lo smentì. Nel 1936 scoprì la tomba di Hemaka, che Firth scavò parzialmente 5 anni prima. Il corredo funerario conteneva diversi capolavori di artigianato egizio e il più antico rotolo di papiro mai scoperto. Ciò dimostrò che il corsivo egizio era già in uso nella I Dinastia. Nella stagione seguente, 1937-38, Emery e la sua squadra scavarono la tomba n° 3357, datata al regno del faraone Aha. La Seconda Guerra Mondiale interruppe i lavori che ripresero nel 1946; un’altra interruzione dei lavori durata 3 anni si registrò nel 1949 ed Emery completò il suo lavoro di scavo negli anni tra il 1952-56. Emery fu impressionato soprattutto dal lusso delle tombe, specialmente se comparate alle contemporanee necropoli di Abydos. Emrery formulò la teoria secondo cui le tombe di Saqqara fossero vere sepolture, mentre quelle di Abydos semplici cenotafi. I numerosi sigilli ed le iscrizioni ritrovate hanno dato molto sulla conoscenza dei titoli faraonici delle prime dinastie. Emery si limitò a pubblicare solo i diari di scavo, l’interpretazione di questi fu pubblicato solo più tardi in un lavoro poco conosciuto. Anche se molte delle teorie ivi esposte non furono sostenute a lungo, il secondo lavoro resta un libro fondamentale sulle scoperte di Emery a nord di Saqqara.
In contrasto con le importanti mastabe della I Dinastia, i risultati degli scavi delle numerose tombe meno ricche della I, II e III Dinastia scavate da Emery prima della Seconda Guerra Mondiale non sono stati mai pubblicati. Questa è una notevole mancanza per lo studio delle prime dinastie, poichè le ultime tombe in particolare rivelano importanti evidenze sull’evoluzione dell’architettura mortuaria, costituendo un collegamento tra le tombe regali della I Dinastia e le mastabe dell’Antico Regno.
